Die Programmstruktur des generierten SPS-Codes ist wie bei der Modellierung in drei Ebenen unterteilt:
Anlage
Hardware-Bereich
Ablauf
Jede Ebene besteht aus Teilprogrammen und globalen Variablenlisten die über Schnittstellen mit den anderen Ebenen kommunizieren. In der folgenden Abbildung sind die Ebenen mit den jeweiligen Teilprogrammen und Globalen Variablenlisten dargestellt. Werden mehrere Sequenzen oder Hardware-Zonen modelliert erweitert sich die Struktur generisch horizontal.